En mi aplicación tengo distintas tareas o funcionalidades que tardan en ejecutarse, como la ejecucion de reportes. Cuando se ejecuta un reporte, la aplicacion queda inutil (se pega) hasta que termina de ejecutarse el/los metodos. Quisiera hacer un progress bar que indique cuando % va de la ejecucion, pero creo que es complicado saber o calcular cuando tardaria ejecutarse un reporte

para simplficar e indicarle al usuario que se esta ejecutando una tarea, tomo la opcion de mostrar una animacion gif que sea como un circulo dando vueltas y asi el usuario sepa que tiene que esperar y no intente darle a todos los botones.

Como podria hacer para lograr ese efecto? leyendo por encima creo que necesitaria separar en hilos para no copar u ocupar el hilo de la interfaz (swing) pero no entiendo mucho

Para eso se hace uso de hilos.. te dejo el link de un POST que hizo mouse sobre eso para que te ayude..

http://www.jc-mouse.net/java/animacion-de-jprogressbar-con-hilo